.PDXファイルって知ってますか?
Adobe Acrobatの
アドバンスト＞文書処理＞カタログ付き全文検索用インデックス
という深いところにある機能です。
これを使うと「複数のPDFにたいする全文検索が可能」になります。
おもっている以上に便利な機能なので使ってみましょう。
詳しい説明はこのあたり
http://www.adobe.com/jp/designcenter/acrobat/articles/acr7at_pdfindex.html
なかなか高速で便利ですな
世の中、まだ知らないことの方が多い