Flashはいわゆるアクティブコンテンツ対策のために、標準で「AC_RunActiveContent.js」というJSを用いてswfを表示しています。
この問題は2008年春に解消されるみたいなのですが、Flash CS3からの標準出力はデフォルトでこの「AC_RunActiveContent.js」を出力する仕様になっています。
ここで、またローカル再生時のセキュリティー制限に引っかかります
HTML読み込む > JS読み込む > SWFを表示する
という流れを期待しますが
Windows Internet Explorerのローカルでの挙動は
HTML読み込む > JS読み込む時にアクティブコンテンツに対する警告が出る > それを許可する > 終了
となって、SWFを表示することが出来ません
自力でobjectタグをhtmlに埋め込めば再生されるので、別に問題はないのですが、ネットでもローカルでも再生したい という場合に問題が残ります。
近いうちにIEの方針が変更になることで、根本的な解決をすると思いますが、ローカル再生はいろいろと問題ありです