パソコンのUIは透けていない方が見やすい

Accessibility

ま、好みの問題ですね
YosemiteのFinderやsafariはスクロールして背面に回っている画像などが透ける仕様です
奥行き感やスクロールしている雰囲気など、操作していて気持ち良いと感じる人もいますが
どうもイマイチ気持よくないと感じる人もいるわけです

そんな時は
システム環境設定 >Accessibility >ディスプレイ >透明度を下げる
をチェックしてください

これでいろんなUIが透けなくなります

Appleとしてもアクセシビリティに関わる問題だという認識はあるわけですね